الف: كتاب‏هاي مرجع:
اين بخش شامل دائره ‏المعارف‏ها, فرهنگنامه‏ها, كتابشناسي‏ها, چكيده‏نامه‏ها, مجموعه‏ها, همايش‏نامه‏ها و ساير منابع مرجع اسلامي خواهد بود كه به صورت كلاسيك و مدون اقدام به طبقه‏بندي آنها مي‏گردد.

ب: نشريات اسلامي:
چنانكه مي‏دانيم انديشه‏هاي مكتوب پژوهشگران و محققان علوم اسلامي در بسياري از موارد از طريق درج در نشريات ادواري انتشار مي‏يابد و شمار قابل توجهي از آنها شايد هرگز به صورت كتاب منتشر نگردد. از طرف ديگر نشريات با انعكاس آموزه‏ها و افكار جديد, تأثير غير قابل انكاري بر فرهنگ عمومي و بر مخاطبان خاص, از خود باقي مي‏گذارند. همچنين سهم نشريات روزآمد و برخوردار از آخرين نظريات علمي و دستاوردهاي فكري را در فرآيند تحقيقات و پژوهش‏هاي اسلامي نمي‏توان ناديده گرفت. از اين ‏رو در ايجاد كتابخانة تخصصي فوق, ضمن توجه به مسائل ياد شده, بخش عمده‏اي از فضاي كتابخانه به ارائه نشريات مرتبط با پژوهشهاي اسلامي اختصاص داده شد.
بخش نشريات در دو شاخه داخلي و خارجي، اقدام به جمع‏آوري منابع مورد نظر خواهد كرد.

نشريات داخلي:
در قسمت نشريات داخلي نسبت به تأمين آن دسته از مجلاتي كه تمام يا قسمتي از آنها به پژوهشهاي اسلامي اختصاص يافته و در كميته علمي كتابخانه, كاربري آنها در تحقيقات اسلامي مورد تأييد واقع شود, اقدام مي‏گردد.

نشريات خارجي:
امروزه پژوهش‏هاي فراواني در سرتاسر جهان توسط مراكز و مؤسسات اسلامي و غير اسلامي در زمينه اسلام صورت مي‏گيرد. گرچه اغلب اين پژوهش‏ها از طريق نشريات انتشار مي‏يابد ليكن عدم وجود مراكز جامعي كه تمامي اين‏ گونه نشريات را در اختيار داشته باشد, ما را بر آن داشت تا در راه‏اندازي كتابخانه توجه ويژه‏اي به تأمين و ارائه اين دسته از منابع مبذول داريم.
كتابخانه مرجع و نشريات اسلامي تلاش خواهد كرد تا از طريق برقراري ارتباط با مراكز علمي-پژوهشي در سرتاسر جهان, نسبت به جمع‏آوري و عرضة كلية نشرياتي كه به مطالعه و تحقيق در قلمرو علوم اسلامي اشتغال دارند اقدام نمايد.
مسئولان كتابخانه ضمن آگاهي به مشكلات و تنگناهاي موجود, تلاش گسترده‏اي را جهت نيل به اهداف مذكور آغاز نموده‏اند. تحقيقات اوليه حاكي از وجود بيش از صدها عنوان نشريه فعال در سراسر جهان در ارتباط با موضوعات اسلامي است. داشتن بيش از يكصد سال سابقة فعاليت مستمر توسط شماري از اين نشريات و نيز وابستگي پاره‏اي از آنها به برخي مراكز معتبر علمي جهان, ويژگي تعدادي از اين ‏گونه نشريات مي‏باشد. همچنين با توجه به بودجه و هزينه‏اي كه كشورهاي پيشرفته صرف تحقيق و پژوهش بويژه در موضوعات اسلامي مي‏كنند, دستيابي به نتيجة اين‏گونه تحقيقات, كمك مؤثري در شناخت مسائل و معضلات فكري جاري در سطح جهان و پاسخ به شبهات احتمالي خواهد بود.
نظام كتابداريِ اين كتابخانه به گونه‏اي طراحي شده است كه آرشيو نشريات و منابع مرجع به صورت قفسه باز در اختيار پژوهشگران قرار گيرد.